W połowie lat 90. jednostka została wyczarterowana osobie prywatnej i od tego momentu zaczął popadać w ruinę. W listopadzie 2008 roku jacht został zakupiony przez miasto Gdańsk i rozpoczął się długotrwały proces jego odbudowy.
Projekt rekonstrukcji historycznego jachtu szkoleniowego objęty został Honorowym Patronatem Prezydenta RP a w mozolny proces jego odbudowy zaangażowały się władze Gdańska na czele z Prezydentem Miasta Pawłem Adamowiczem i Leszkiem Paszkowskim - Dyrektorem Miejskiego Ośrodka Sportu i Rekreacji. Projekt pod hasłem „Gdańsk ratuje żaglowiec" kosztował 4,5 mln zł i spotkał się z dużym uznaniem mieszkańców nie tylko Gdańska czy Trójmiasta, akcję wspierali między innymi polarnik Marek Kamiński oraz wielokrotny mistrz olimpijski, żeglarz Mateusz Kusznierewicz.
Zwieńczeniem trwającej od 2008 roku akcji odbudowy Zaruskiego była wczorajsza uroczystości podniesienia bandery - żaglowiec STS "Generał Zaruski" ma być flagową jednostką Gdańska, służyć będzie wychowaniu i edukacji morskiej młodzieży.
Zdjęcia: fotoinlove.plPodczas wtorkowych uroczystości prezydent Bronisław Komorowski mówił:
"- Dziękuję za podjęcie tej mądrej decyzji o przejęciu przez miasto Gdańsk odpowiedzialności za niezwykłą w swoim symbolicznym wymiarze pamiątkę Polski morskiej. Jacht "Generał Zaruski" jest symbolem polskich marzeń zarówno o obecności naszego kraju na morzach w okresie międzywojennym, jak też chęci wychowywania następnych pokoleń w duchu tego, co wiąże się z przygodą morską. Dziękuję także Gdańskiej Stoczni Remontowej, która poświęciła cząstkę swojego sukcesu gospodarczego dla uratowania tej niezwykłej pamiątki z okresu międzywojennego. Dzięki temu "Generał Zaruski" nadal będzie pełnił służbę na rzecz Polski morskiej, uczestnicząc w wychowaniu polskiej młodzieży, reprezentując miasto Gdańsk i polskie marzenia...
... - To jest nie tylko zabytek sztuki szkutniczej, ale także skarbnica polskich tradycji morskich. Ten niewielki jacht zawiera w sobie ogromny ładunek symboliki, emocji i marzeń. To symbol naszych trudnych dziejów trwania nad Bałtykiem... "